alguns dos melhores e mais conehcidos servidores que o emule utiliza foram encerrados ou são usados por entidades que 
combatem a pirataria. exemplos desses servidores são os donkey server 1 a 6.
A melhor alternativa para já é de usar a rede kad, que está disponível nas últimas versões do emule, creio que desde a 
versão 0.47X.
No fórum oficial em inglês do emule que podem encontrar em:
www.emule-project.net 
recomendam o seguinte:
nas preferências do Emule, separador servidores, colocar o visto em actualizar lista de servidores ao iniciar o emule.
carregar no butão lista logo abaixo e colar estes links no ficheiro que se abre:
http://peerates.net/peerates/certifiedservers.met
http://peerates.net/peerates/trueservers.met 
estes endereços correspondem a sites que mantém uma lista de servidores fidedignas actualizada.
para evitar que servidores perigosos sejam adicionados a vossa lista de servidores, é recomendado desmarcar as caixas 
actualizar lista de servidor ao conectar a um servidor, bem como actualizar lista de servidores quando um cliente se conecta.
deve-se desmarcar também a caixa que diz ligar-se apenas aos servidores fixos, já 
que actualmente ainda não se sabe quais os servidores com melhor capacidades de busca e de utilizadores.
finalmente no separador segurança, deve ser activado o filtro de ip perigosos.
na caixa ipfilter deve ser colocado o valor 127
depois deverão colocar como url para download do ipfilter actualizado 
http://emulepawcio.sourceforge.net/ipfilter.zip    
e depois fazer um load do ipfilter.
depois do download do ficheiro ipfilter estar concluido, é necessário carregar no butão reload.
é recomendado actualizar este ipfilter diariamente.

isto são os procedimentos que encontrei no fórum oficial do emule, convém consultar este último regularmente para estar informado de possíveis alterações ou aparecimento de novos servidores para substituir os donkey.
para terminar, encontrei este tópico que fala um pouco sobre este problema com os servidores, em:
http://www.dvd-ed2k.com/viewtopic.php?t=3513&sid=3b80026a72fdadb4ebd126ee345ee187

Essas dicas são valiosas, vale a pena fazer !